Dalam rangka menyambut kedatangan mahasiswa baru tahun 2016, Universitas Muhammadiyah Parepare menggelar Pesantren Mahasiswa yang diikuti sebanyak 1200 peserta.
Pesantren mahasiswa merupakan kegiatan yang rutin di laksanakan karena kegiatan ini telah tercantum didalam kalender akademik dan biasa dilaksanakan disetiap awal semester gasal. Kegiatan ini dilaksanakan Demi terwujudnya visi yang di usung universitas muhammadiyah parepare yaitu TERWUJUDNYA UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PAREPARE YANG ISLAMI DAN UNGGUL DALAM IPTEKS.Pesantren mahasiswa ini dilaksanakan empat hari yaitu sejak tanggal 5 September hingga 9 September 2016 yang diikuti oleh seluruh mahasiswa baru universitas muhammadiyah parepare. Selain menjadi program pembinaan AIK, pesantren mahasiwa juga merupakan momentum bagi pengenalan dan orientasi kampus muhammadiyah parepare. Dalam kegiatan pesantren mahasiswa ini turut hadir tokoh nasional seperti AM. Iqbal Parewangi dan Abraham Samad sebagai pemateri. Pemateri pesantren mahasiswa lainnya berasal dari pimpinan Universitas dan program studi .